Både halvön och det isolerade Malaysia ligger på samma tropiska breddgrader och påverkas av liknande luftströmmar. De har höga temperaturer och luftfuktigheter, kraftigt nederbörd och ett klimatår mönstrat runt nordöstra och sydvästra monsunerna. Klimatårets fyra årstider är den nordöstra monsunen (från november eller december till mars), den första mellanmånedersperioden (mars till april eller maj), den sydvästra monsunen (maj eller juni till september eller början av oktober) och den andra mellanmånen period (oktober till november). De två monsunernas uppkomst och reträtt definieras inte skarpt.
Även om Malaysia har ett ekvatorialt klimat, underlättar den smala och topografiska konfigurationen för varje del - centrala bergiga kärnor med plana, flankerande kustnära slättar - inträngning av marina klimatpåverkan. Monsunerna förändrar klimatet ytterligare. Den nordöstra monsunen ger kraftigt regn och grovt hav till de exponerade kusterna i sydväst Sarawak och norra och nordöstra Sabah, och det orsakar ibland översvämningar i den östra delen av halvön. Den sydvästra monsunen påverkar främst Sabahs sydvästra kustbälte, där översvämningar är vanliga. Varken halvön eller det isolerade Malaysia befinner sig i det tropiska cyklonbältet, men deras kuster utsätts ibland för de kraftiga regnstormarna i samband med squalls.
Temperaturerna är jämnt höga under hela året. På halvön är de i genomsnitt cirka 80 ° F (27 ° C) i de flesta låglandsområden. I kustområdena i östra Malaysia ligger lägsta temperaturer från låg till mitten av 70-talet F (cirka 23 ° C), och maximala temperaturer ligger runt 90 ° F (32 ° C); temperaturerna är lägre i de inre höglandsregionerna. Den genomsnittliga årliga nederbörden på halvön är cirka 2540 mm; det torraste läget, Kuala Kelawang (i distriktet Jelebu), nära Kuala Lumpur, får cirka 1650 mm regn per år, medan den våtaste, Maxwell's Hill, nordväst om Ipoh, får cirka 200 tum (5000 mm) årligen. Den genomsnittliga årliga nederbörden i Sabah varierar mellan 2030 och 3 560 mm, medan de flesta delar av Sarawak får 3 050 mm eller mer per år.
